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测定了我国特有植物斑子麻黄的叶绿体matK和rbcL基因以及核糖体18S基因和ITS区的序列，选取麻黄属15个物种的16个类群（含旧大陆8种和新大陆7种）进行分子系统发育分析，探讨斑子麻黄的系统位置．基于最大简约法（MP）、邻接法（NJ）、最小进化法（ME）和最大似然法（ML）的独立与联合分析均表明斑子麻黄与木贼麻黄关系最近．根据相对速率检验结果，结合前人所建立的麻黄属rbcL基因进化速率估计斑子麻黄与木贼麻黄的分歧时间约为10．85±2．44Ma．