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真菌与苔藓在地球上出现的年代远早于种子植物，寒武纪就有菌类的化石记录，至泥盆纪早期尚有高达约30m、粗约80cm的线丝木（Nematophyton loganii Dans），最初被认为是原杉（Prototaxites Dawson），后经研究发现其茎部细胞全部为菌丝组成，因此它是一种高大的菌类，只是与恐龙同步绝迹了。古代的真菌也有与现在完全相同的种类，如在泥盆纪埋藏在琥珀中的一种皮伞菌（Marasmius pulcher（Berk．et Broome）Petch）竞与现在云南分布的种类完全无异。古代菌类