利用非线性降维方法预测膜蛋白类型

来源 :上海交通大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：xushihuinuaa

【摘要】

：

将氨基酸的组成含量以及它们之间的相关系数作为膜蛋白序列的特征向量,采用有监督的局部线性映射(SLLE)的方法对该向量进行降维,并使用最简单的欧氏距离分类器来预测膜蛋白类

【作者】

：

徐志节杨杰王猛

【机构】

：

上海交通大学

【出处】

：

上海交通大学学报

【发表日期】

：

2005年2期

【关键词】

：

膜蛋白非线性降维局部线性映射蛋白质组学生物信息学 mbrane protein nonlinear dimensionality reduction

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将氨基酸的组成含量以及它们之间的相关系数作为膜蛋白序列的特征向量,采用有监督的局部线性映射(SLLE)的方法对该向量进行降维,并使用最简单的欧氏距离分类器来预测膜蛋白类型.利用统计学中Self-consistency,Jackknife和Independent dataset 3种典型方法检验SLLE的降维结果,取得了明显的效果.试验结果表明,SLLE算法能够成功地预测膜蛋白数据类型.

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