提升R&D创新绩效,最大程度地刺激经济快速发展是我国建设创新型国家面临的重要课题,而R&D经费投入规模的科学增量以及配置结构优化等问题成为当前关注的核心。文章以此作为出发点,基于宏观视角,旨在通过优化R&D经费配置结构,有效提升我国整体科技创新绩效。文章在深入分析创新环境系统、R&D经费配置结构与R&D创新绩效的理论关系的基础上,运用Cite SpaceⅤ可视化工具剖析了创新环境系统的维度构成:研发基础、经济基础、产业结构、市场发育程度、政府支持和区位优势;并进一步细化了各维度的衡量指标,初步构建了创新环境系统的指标体系;利用单位根和格兰杰检验,在验证其与创新绩效因果关系的基础上,对关键指标进行筛选最终确立了创新环境指标体系。运用稀疏Group Lasso测度了R&D经费配置结构与创新环境共同作用下的创新产出时滞影响,并对关键环境影响因素进行识别,结果显示我国高技术产业、医药制造业和医疗器械产业新产品的滞后期分别为3、1、3年,而专利申请数的滞后期分别为4、3、3年;政府支持、市场发育程度和区位优势为影响R&D创新绩效及其时滞效应最重要的三个创新环境因素,具体表现为:国家区域战略发展规划、市场对外开放程度、所在经济区域及区位优势。在考虑时滞的情况下,运用OLS法分析了创新环境和R&D经费配置结构交互作用下R&D创新绩效变化情况,结果表明:整体而言R&D经费配置结构对创新绩效多呈现U型或倒U型的非线性影响,且因经费结构类型和创新绩效类型不同而存在明显差异。其中,R&D经费中政府资金比例多对创新绩效产生明显负向影响。省际经费配置比例则大多呈现倒U型影响,对三大产业专利申请的影响均呈现显著的倒U型,其拐点分别为(0.100,0.087,0.168);而对新产品销售收入的影响在高技术产业及医疗器械产业为倒U型,拐点分别为(0.062,0.188),但对医药制造产业呈现明显正向影响。R&D经费中产业经费配置比例对创新绩效影响大多呈现非线性的倒U型影响,且子产业经费配置比例较低时,该指标多对产出指标产生正向影响;随着比例的提高,往往产生负向影响。由此,文章基于国家整体、省域组合两个视角构建了集效率测度、预测及R&D经费配置结构优化为一体的综合模型,重点对省域组合视角的优化模型进行有效性检验和算例应用。结果表明:我国2013、2014和2015年的R&D经费配置均存在优化空间,R&D经费投入总额的科学增量分别为7%、-12.7%、-2.8%;研究同时发现,北部沿海省市如天津、东部沿海的全部省市即上海、江苏、浙江等发达地区R&D经费配置结构存在较大优化空间。最后,文章从创新环境系统建设、R&D经费科学增量、R&D经费政府资金比例及省域比例等方面提出了相关建议。文章尝试将创新环境系统纳入R&D经费配置效率的研究中,特别是创新性地将国家区域发展战略规划以量化方式纳入环境系统,探讨了创新环境系统与R&D经费配置共同影响下的创新产出、时滞及绩效变化情况;拓展了现有时滞研究,将时滞研究从单纯的投入产出视角拓展至创新环境及创新环境与R&D经费配置结构交互作用的时滞效应研究;文章实证对象涉及3个产业、59个指标变量、21个省域、18年的历史数据,是典型的高维数据;为此,文章率先将稀疏Group Lasso方法引入管理学的研究,将Group Lasso从纯粹的理论方法研究拓展至实际运用,实现了该方法从理论到应用的质的跨越,为小样本高维数据的降维处理提供了借鉴。