【摘 要】
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[目的]对喜温嗜酸硫杆菌和氧化亚铁嗜酸硫杆菌菌株的基因组数据进行比较分析和数据挖掘。[方法]采用Blast程序、MUMmer软件以及Artemis比对软件对4株嗜酸硫杆菌的基因组序列
【机 构】
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河南科技大学食品与生物工程学院; 中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(“应用系统生物学手段揭示布氏嗜酸两面菌钼抗性分子机制”,No.31200035;“喜温嗜酸硫杆菌Acidithiobacillus caldus基因组不稳定性对其环境适应性的影响”,No.31171234);河南科技大学博士启动基金项目(No.090061608);河南科技大学大学生训练计划(No.2013122)资助
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[目的]对喜温嗜酸硫杆菌和氧化亚铁嗜酸硫杆菌菌株的基因组数据进行比较分析和数据挖掘。[方法]采用Blast程序、MUMmer软件以及Artemis比对软件对4株嗜酸硫杆菌的基因组序列和蛋白质组序列进行同源比对分析以及可视化呈现,并通过RT-PCR对缺失基因进行验证。[结果]与喜温嗜酸硫杆菌相比,氧化亚铁嗜酸硫杆菌不含有鞭毛编码基因,并且含有较少的转座元件（26和41个）;喜温嗜酸硫杆菌主要采用SOX系统（clusterⅠ和clusterⅡ）进行无机硫化合物的氧化;除硝酸盐还原外,氧化亚铁嗜酸硫杆菌还可以通过固氮酶（AFE1522-1515和Lferr1240-1233）固定氮气获得氮源。此外,插入序列造成硫氧化还原酶基因的缺失以及7个功能基因失活等现象表明冶金微生物基因组存在不稳定性。[结论]比较基因组学为更好地挖掘嗜酸硫杆菌属物种的基因组数据信息、揭示其基因组结构特征以及冶金性状等差异提供了重要支持。
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