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造成内蒙古旗县财政困难的原因是多方面的，包括：经济发展缓慢，后劲乏力；旗县政府职能转变滞后，机构膨胀；财政体制改革滞后，财权与事权不相统一；要求地方匹配的专项资金项目不断增多。可通过以下对策来缓解旗县财政困难：充分发挥财政职能和手段，积极促进旗县经济发展；完善用人机制和编制管理制度，降低运行成本；调整和完善现行财政体制，科学合理划分财权和事权；改革和完善税收管理体制，适当增加旗县财政可自主支配的财力；改革和完善转移支付制度。