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提出一种基于图的补丁文件结构化比较算法，以有效提取可执行补丁文件的结构化签名特征。根据提取的结构化签名特征从函数调用关系图和控制流程图两个层面对补丁进行同构比较，有效得出补丁文件改变的函数和基本块。实验结果表明提出的结构化比较算法能从语义层次上准确识别补丁文件发生的变化，具有较低的误报率和漏报率。