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党的十七大提出要加快行政管理体制改革，探索实行职能有机统一的大部门体制。铁道部是我国所有行业中惟一仍实行政企合一的政府部门，铁道部不仅具有政府职能，而且直接对全路运输生产进行统一调度指挥，直接进行运输收入的分配。铁道部的政企分开已经成为我国交通运输领域能否实行大部门体制改革的关键。在本次大部制改革中，铁道部独立于交通运输部之外。交通运输相当于人体的血液循环系统，正如不包括主动脉的血管不能称为血液循环系统一样，不包括铁路的“交通运输部”是难以称为交通运输部的。