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伊犁河流域独特的自然环境是众多珍贵稀有动物的柄息地和野生植物天然种质基因库。由于山区天然森林林区萎缩和破坏，不少珍贵稀有野生动物难觅踪迹，特有的一些野生植物也趋于绝种，野苹果资源已经从1959年的9000hm^2减少到3000hm^2，不到50年的时间减少了2／3，野生巴旦杏已经消失，野生欧洲李分布和数量急剧萎缩，