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以组成物质原子的原子序数为矩阵元素，建立了物质的分子结构矩阵；指出了物质分子结构矩阵与其分子具有链状结构的物质间的一一对应关系，因此分子结构矩阵具有优良的结构选择性；同时以分子结构矩阵为基础，构建了分子结构矩阵指数，借助于因子分析法，将分子结构矩阵指数用于13种酯类物质色谱保留值的预测，结果令人满意．