基础研究是科技进步和科技创新的先导和源泉。我国政府对基础研究一贯重视并已有相当的投入。但总体来讲，我国孕育基础研究的土壤不够肥沃，有利于基础研究发展的体制环境还不尽如人意。
　　我国基础研究领域目前主要存在两个问题。
　　一是投入不足。20世纪90年代，我国科技投入占GDP的比例长期徘徊在0.5％－0.6％，2003年为1.31％，与发达国家相比，差距显著。其中，在基础研究方面的投入就更显不足，只占科技投入总量的5.7％。
　　二是效益不高。我们更为关注的是在科技投入中，特别是投入到基础研究的有限经费，还存在效益不高的突出问题。如果这个问题不能及时得到解决，即使国家增加了投入，也还会出现因疏于管理而造成的种种资源浪费。基础研究的投入效益不高，主要有以下几方面原因：第一，基础研究经费多头管理体制不顺。国家投入到基础究方面的经费本来不多，又分别由政府几个部门多头管理。其中，国家重点实验室和中科院创新工程，由国家财政直接拨款；而竞争性经费又分别由科技部和国家自然科学基金委按照各自的运作模式来管理。以上各部委管理基础研究虽有分工，各司其职，但缺乏资源整合和协调机制，造成低水平重复严重，以及资金使用分散。第二，项目管理不规范、不科学。目前我国在立项评审、验收评估和成果评价等环节中还缺少制度规范和科学管理的机制，也未能很好地体现公开、公平、公正的原则。在某些基础研究项目的立项上缺少严谨的科学论证、带有较大的随意性，表面上是充分依靠专家，实际上是少数人说了算，使本不该立的项目得以立项，严重地浪费了本来就很少的经费资源。此外，在执行项目的管理过程中，缺乏监督机制，对项目的执行情况和经费使用没有科学、客观地评价和监控，占用了大量资源，却出不了好的成果，只满足于媒体的不恰当宣传，增添部门和单位的“政绩”。第三，吸引和培养优秀人才的环境尚不尽如人意。基础研究应注重长期、厚重的工作积累，但仍有很多用人部门和单位不注意研究和尊重基础研究这种固有的规律和特点，不努力去改善从事研究的工作氛围，而把提高研究水平和创新能力只寄希望于吸引或培养一二个尖子人才，结果导致了引进人才的无序竞争，又没能引进真正的优秀人才，浪费了大量资源。
　　
　　为此我们建议:
　　1.继续加大基础研究投入力度。
　　希望在两年之内国家对科技的投入能达到GDP的1.5％，其中对基础研究投入的增长幅度应更高些，因为,从我国目前经济发展状况来看，国家是基础研究投入的主体；此外，也要引导和鼓励有条件的企业加大对基础研究的投入。
　　2.改革现行体制，建立资源整合机制。
　　国家具有管理基础研究职能的相关部门，应在分工负责的基础上，打破部门的界限，建立一种有效的协调机制，把分散的资源和重复的管理加以有效的整合，以提高经费资源的使用效益，避免重复和浪费。
　　3.增加竞争性经费额度。
　　国家对前瞻性、战略性领域的基础研究进行大力投入是非常必要的。但就基础研究特点而言，适当地提高竞争性经费的比例可以有效地促进基础研究的发展，这一点已在国内外实践中得到证明。同时，对竞争机制要不断加以改革和完善，真正做到公平和公正。
　　4.完善项目管理机制，提高管理的科学化程度。
　　（1）改革立项方法
　　立项要真正公开透明，遴选的评审专家要从专家库里随机选择，要严格回避制度。立项之后，特别是重大项目，要公布项目承担单位和项目主持人；同时，要公布评审专家。
　　（2）改革管理方法
　　项目进行过半时，要组织专家进行中期评估，以决定后期的经费如何支持。重大项目完成后要组织专家对项目完成情况进行评估，并将评估结果公告社会，包括成果、经费使专家评价意见等。
　　（3）改革评价方法
　　基础研究成果的评价主要看发表文章的水平以及发明专利。SCI源刊物上发表文章，是当前评价的重要标准，但也不能完全依赖。
　　为此，要想大力提升我国自主创新能力，必须针对我国基础研究当前存在的主要问题，从体制和机制的改革和完善入手，以推动我国基础研究健康发展。
　　注：本文为以政协九三学社界别名义提交全国政协十届三次会议的提案。