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人类肠道中寄生着数以万亿计的以细菌为主的微生物,它们组成了一个庞大的生物反应器,由饮食营养推动进而产生大量的生物活性物质。肠道微生物及其代谢产物通过多种途径作用于其他器官,使得肠道微生物与宿主的大脑、肝脏、肺脏、新陈代谢、免疫系统、激素系统等联系起来。微生物-宿主的交流对维持人体健康至关重要。最近研究发现肠道菌群与神经退行性疾病、炎症性疾病、肥胖、行为异常及神经发育等有关。同时,肠道微生物还对药物代谢产生重要影响,为阐释中药作用机制提供了新的途径。