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作物遗传育种是专门研究农作物遗传改良的理论、方法与技术的科学;搞好作物遗传育种,可以为农业生产培育优良的作物品种。而ISSR分子标记技术则是一项重要的分子标记技术,该技术具有较高的稳定性与多态性,成本低廉,可以广泛应用于不同生物基因组多态性分析中。文章结合实例,阐述了ISSR技术在作物遗传育种中的应用。