Smith-Waterman算法的若干优化及并行实现

来源 :计算机工程与应用 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xy3594830691
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
  摘 要 Smith—Waterman算法是目前被使用最广泛的序列相似性比较算法之一,它适用于寻找局部相似序列对。该算法精确度较高,一直沿用到现在。目前,使Smith—Waterman算法提速,寻找该算法的优化方法,是世界各地的科学家们正花费大量心研究的课题。该文从算法并行化着手,充分利用近期蓬勃发展的高性能计算机系统,提出了若干SIn讧h—Waterman算法的优化思想,并在cluster机上实现。
  关键词 生物信息学 序列比对算法 算法并行化 集群机
  文章编号1002—8331—(2003)23—0089-03 文献标识码A 中图分类号TP311
其他文献
摘 要 依据Bent函数的特征矩阵,利用组合数学中的容斥原理和图论中的子图概念,给出在流密码学中有重要应用的Bent函数数目的一个上界,计算实例说明该上界是最好可能的上界。  关键词 Bent函数 特征矩阵 上界  文章编号1002—8331—(2003)23—0030—02 文献标识码A 中图分类号TN918.1
期刊
摘 要 该文分析了TNN网管系统中存在的不足,总结了CORBA的优势,通过两者的对照比较,指出了它们在被管理对象的命名和系统的寻址机制、管理信息模型、事件通知的方式以及协议栈等方面的不同;并在此基础上,建立了基于CORBA平台的TMN网管系统新的架构,利用网关技术集成原有的网管系统和集成纯CORBA的网元设备,实现异构环境下多个系统的互连互通,并有利于实现在业务管理层进行粗粒度的网络管理。  关键
期刊
摘 要 该文给出了传统的求解多目标优化方法存在的问题,引入了当前研究多目标优化的新方法——基于遗传算法求解问题的pareto解,讨论了该方法要解决的关键问题——多样性保持及解决策略,并给出了一个求解pareto解集的新算法,算法简单、高效、鲁棒性强。最后给出了实验结果。  关健词 多目标优化 遗传算法 Pareto占优 多样性保持  文章编号1002—8331—(2003)23—004
期刊
摘 要 Snake模型分割图像时要求初始轮廓线位于图像特征附近,且难以处理深度凹陷区域。该文在快速Snake模型的目标函数中增加局部面积能量项,扩大了算法捕获图像特征的范围;以边缘增强后的BPV图像的梯度为参数,计算梯度向量流场以代替MRI图像的梯度,提高了算法处理弱边界和凹陷区域边界的能力,优化算法的时间复杂度仍然为O(nm)。实验结果表明,该算法能够有效地分割左心室MRI图像。  关键词
期刊
摘 要 图像检索是近年为适应国际互连网以及图像数据库高速发展而出现的一门新技术。该文建立了一个基于对象的图像检索系统—Basestar。该系统针对传统图像检索方法偏重图像整体特征,忽略用户对图像感知等缺点,采用用户参与方式,自动准确分割对象,并在此基础上利用对象颜色和形状特征对图像实现检索。实验结果表明该系统取得了良好的检索效果。  关键词 图像检索 图像分割 不变性 感知系统  文章
期刊
摘 要 Onto1olgies在语义Web中起着举足轻重的作用,它不仅能为人类用户而且能为软件Agent提供从语法层次到语义层次上的互操作性。DAML+OIL是专门为语义Web设计的一种Ontology描述语言,它将框架系统、描述逻辑和Web标准这三个不同领域的优点结合了起来,采用面向对象的方法用类和属性来描述领域的结构。但是DAML+OIL也有不足之处,其一是约束表达能力较弱,只能表示属性值
期刊
摘 要 针对VB数值计算能力不足,不利于算法开发和程序发布的状况,文章在介绍了MATLAB C/C++数学函数库的基础上,通过对VB调用MATLAB数学函数库所涉及的几项关键技术——数组的存储方式、指针的应用和错误处理机制的统一等的研究和分析,并通过一个求解矩阵特征根和特征向量的具体实例,实现了增强VB数值计算能力的方法。结果表明:充分利用MATLAB的数学函数库,有助于开发出可以脱离MAn人
期刊
摘 要 识别图像中的边界,曲线段及曲线段文字标注区域是进一步进行图像识别和文字识别的基础。论文从分析像素间关系入手,提出了一种基于m—连通的曲线段及曲线段文字标注区域的识别方法。提出的方法和处理技术在实践中取得良好效果。  关键词 连通 识别 文字区域 相图  文章编号1002—8331—(2003)23—0060—02 文献标识码A 中图分类号9Y391
期刊
摘 要 基于流水光总线的可重构线性阵列系统(MRPBS)是一种建立在光总线上的并行计算模型,许多研究工作者已经在该模型上设计出了一些高效的并行算法。该文主要介绍了LARPBS模型及其快速矩阵乘法运算,从而使人们更加了解光总线计算模型及其优越性,为今后进一步研究光总线模型及其并行算法奠定了基础。  关键词 光总线 URPBS模型 矩阵乘法 并行算法  文章编号1002—8331—(200
期刊
摘 要 该文研究并实现了MPKG—1/2码流到MPEC—4码流的转换, 包括MPEC—1/2码流的解码及其优化,MPEC—4视音频码流的编码及其优化,及编码后生成的MPEC斗视音频码流的合成。  关键词 MPEG AAC 编码 解码 码流  文章编号1002—8331—(2003)23—0081—03 文献标识码A 中图分类号TP391
期刊