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针对内河航运跨区域过闸船舶数量多、运输量大、涉及范围广的问题,基于物联网提出了跨域船舶智能识别算法。通过对系统组成和工作流程进行设计与分析,提出了MD5散列算法、树型信任模式、RSA加密算法以及身份认证算法,将系统进行模块化设计,实现了跨域船舶智能身份识别过程。通过仿真实验对系统算法进行验证,表明该系统能够快速识别跨域通行船舶身份信息,保障了船舶跨区域身份识别快速、安全的执行,对提高智能化、信息化管理水平有着重要的现实意义。