甘草UGDH1基因的克隆、生物信息学及表达分析

来源 :中国实验方剂学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:shashuang0126
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目的:对甘草尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UGDH)基因进行克隆、生物信息学及表达分析.方法:提取6周龄乌拉尔甘草幼苗根、茎、叶的总RNA,通过逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)克隆GuUGDH1基因(Gu表示甘草)互补脱氧核糖核酸(cDNA)序列,测序并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术进行组织特异性分析.结果:克隆所得GuUGDH1基因的开放阅读框(ORF)全长1443 bp,编码480个氨基酸残基(GenBank登录号MT968993);生物信息学分析显示,GuUGDH1属于稳定的酸性亲水蛋白,相对分子质量53.056 kDa,等电点5.89,不含信号肽,不含跨膜螺旋且都在膜外;含有3个典型的保守结构域,属于尿苷二磷酸(UDP)-葡萄糖/鸟苷二磷酸(GDP)-甘露糖脱氢酶家族;系统进化分析表明,GuUGDH1基因与豆科植物大豆Glycine max,密花豆Spatholobus suberectus的亲缘关系较近;Real-time PCR检测结果表明,在6周龄甘草幼苗的根、茎、叶中都能检测到GuUGDH1基因的表达,根的表达量显著高于茎和叶.结论:本研究克隆得到了甘草UGDH1基因并对其蛋白序列特征进行了系统分析,可为进一步研究UGDH1蛋白的催化功能提供理论依据.
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