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为了方便辣椒的标记辅助育种和遗传分析,我们利用辣椒基因组富集文库和公共数据库辣椒的cDNA序列,从中开发了一批非冗余的、具有2～3个碱基基序的SSR（simple sequence repeat）标记。SSR富集文库由三种限制性内切酶（AluI、HaeⅢ、RsaI）和两种生物素标记的寡核苷酸探针b（GA）15和b（CA）15共同构建而成。从6528个克隆开发了1736个基因组SSR标记,从13003个序列中获得了1344个cDNA序列来源的SSR标记。利用自交系K9-11和MZC-180的种内杂交种（K9