报告了2型登革病毒04株结构蛋白C, PrM（M）、E和非结构蛋白NS1基因的核苷酸及氨基酸序列，并与国际参考株新几内亚C株、牙买加株和侯选疫苗S1株进行了比较。结果表明，从壳体蛋白C到主要非结构蛋白NS1，这一开放读码框架核苷酸总数为3 381，编码1 127个氨基酸；在E蛋白区有3个保守的氨基酸序列，分别位于E区的98-111、371-378、416-422；有2个潜在的糖基化位点，分别位于E区的Asn-67和Asn-153位；有12个保守的半胱氨酸残基。非结构蛋白NS1有两个糖基化位点，位于NS1区的130和207位，有10个保守的半胱氨酸残基。在结构蛋白C、PrM（M）、E和非结构蛋白NS1中，E蛋白表现最为保守，其次是C蛋白。D2-04株病毒在核苷酸水平与氨基酸水平上与其他2型病毒株比较，我国04株较类似于牙买加株，其次是NGC株，与S1株类似性最小。说明我国病毒株与牙买加株相关性较大，与S1株相关性较小。