目的中国人冠心病全基因组关联研究鉴定了4个新的冠心病易感区域,其中12q21.33区域中rs7136259位点附近有一个功能未知的长链非编码RNA loc338758,本研究旨在探索loc338758在动脉粥样硬化及冠心病发生中的生物学功能。方法应用实时荧光定量聚合酶链反应检测一般人群和冠心病患者、对照人群外周血单个核细胞RNA中loc338758及其邻近基因ATP2B1mRNA的表达水平;应用ENCODE数据库分析loc338758所在基因组片段的功能调控元件;应用双荧光素酶报告基因系统检测包含loc338758的基因组片段的转录调控作用;构建、包装过表达loc338758的腺病毒,在人脐静脉内皮细胞中过表达loc338758,应用实时荧光定量聚合酶链反应检测loc338758临近基因ATP2B1的mRNA表达水平,应用蛋白质印迹技术检测ATP2B1蛋白表达水平。结果在一般人群样本中loc338758 mRNA水平与冠心病易感位点rs7136259的疾病风险等位基因T的基因型分布显著相关。与对照组相比,loc338758 mRNA水平在冠心病病例组中显著上升,而ATP2B1基因mRNA表达水平在冠心病病例组中显著下降。ENCODE数据库分析显示在血管内皮细胞中loc338758所在基因组片段具有丰富的转录调控元件。双荧光素酶报告基因结果表明包含loc338758的基因组片段显著抑制基因的转录活性。在人脐静脉内皮细胞中腺病毒介导的loc338758过表达显著抑制ATP2B1基因mRNA和蛋白表达水平。结论冠心病易感区域12q21.33中新的长链非编码RNA loc338758具有抑制基因转录活性的作用,能够抑制临近基因ATP2B1的表达。提示loc338758可能通过负调控ATP2B1基因的表达,从而影响内皮细胞功能紊乱,参与动脉粥样硬化及冠心病的发生和发展。