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针对PET核电子学系统工作在辐射环境中，而且常常需要根据不同工作模式更换FPGA程序的问题，提出一种利用计算机和控制芯片，并基于CPCI总线来实现FPGA在线配置的系统。设计中以Xilinx公司的Spartan3AN系列FPGA为控制芯片，结合常用的配置模式，从硬件到软件，给出了该系统的具体设计。实践表明此方法易于实现，成本较低，不仅改善了系统的工作性能，而且极大地提高了系统硬件功能的灵活性。