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目的采用PCR-DGGE反应技术体系分析川芎内生真菌的群落结构。方法以栽培的川芎根茎为材料,利用PCR-DGGE技术,对基于ITS区的PCR-DGGE体系的变性剂梯度范围、电泳时间进行了优化。结果最佳变性剂梯度的范围为45%～80%,最佳电泳时间为160 min。结论所用方法简便快捷,为进一步研究川芎内生真菌的群落结构分析奠定了基础。