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东北农业大学水利与建筑学院源于1958年创办的东北农学院农田水利工程专业，2000年11月正式成立水利与建筑学院。水利与建筑学院的农业水上工程学科于1986年批准为硕士点，1999年开始招收工程硕士研究生，2001年开始招收农业水上工程博士研究生，足黑龙江省唯一具有农业水上工程学科硕士、博士授予权的单位。2000年以来，招收硕士研究生151人，授予硕十学位43人，招收博士研究生9名。