基于Illumina Miseq高通量测序技术，分析有机-无机复混肥对桑树根际土壤细菌与根系内生细菌多样性的影响，为进一步调节土壤细菌结构提供参考依据。结果表明，与单施复合肥相比，施用有机-无机复混肥可提高桑树根际土壤细菌与根系内生细菌的丰富度、多样性和均匀度；虽然单施复合肥与有机-无机复混肥处理在科属水平上细菌群落结构具有很高的相似性，但有机-无机复混肥处理中特有的菌群更为多样，表明添加有机-无机复混肥处理更有利于提高桑树根际土壤和内生细菌群落的组成。另一方面，属分类水平上，分支杆菌属（Mycobacterium）、Acidibacter、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、热酸菌属（Acidothermus）、Actinomadura、Thermosporothrix、胸腺杆菌属（Steroidobacter）、放线短链孢菌属（Actinocatenispora）、Haliangium和根瘤菌属（Rhizobium）是2种肥料处理条件下的桑树根际土壤细菌的优势菌属；泛菌属（Pantoea）、赖氏菌属（Leifsonia）、肠杆菌属（Enterobacter）、黄杆菌属（Xanthomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）草螺菌属（Herbaspirillum）、Pseudarthrobacter、 短小杆菌属（Curtobacterium）和假单胞菌属（Pseudomonas）是2种肥料处理条件下根系内生细菌的优势菌属，但有机-无机复混肥处理对桑树根际土壤细菌和根系内生细菌优势菌属的比例与组成比单一的化肥处理更为多样与均衡。综上所述，有机-无机复混肥处理不仅具有提高桑树根际土壤细菌以及桑树根系内生细菌丰富度、均匀度和多样性的效果，而且改变了桑树根际土壤与根系内生细菌的群落组成。