21世纪以来水产养殖业在我国得到了迅猛的发展，随着集约化程度的提高，养殖密度的增大，代谢产物也大幅增加，养殖水体污染日益严重，养殖病害也日益加剧，许多病害已经严重威胁养殖效益。面对加剧的养殖病害，消毒剂、杀菌剂和化学药物的大量使用破坏和干扰养殖环境的正常生物区系，导致微生物的生态失调，产生二重感染，对人类健康产生危害。近年来，人们开始尝试在养殖生产中使用有益微生物以改善养殖生态环境，提高养殖动物的免疫力，抑制病原微生物，从而减少疾病的发生。目前已经发现了包括细菌、真菌、微藻等在内的多种益生菌。它们大都具有以下3个基本特征：一是体外实验中能拮抗病原菌，快速降解有机质；二是能在养殖动物肠道、养殖水体中存活；三是感染实验中能提高养殖动物对病原体的抵抗力，促进动物生长。水产养殖中常见益生菌主要有光合细菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌酵母菌以及硝化细菌和反硝化细菌等。