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机电及自动化工程系是福建工程学院创办最早的专业系之一，主要面向汽车设计制造业、机电装备制造业，辐射其它应用机械电子技术的行业，培养机电类应用型高级工程技术人才，设有“机械设计制造及其自动化”、“车辆工程”、“工业设计”三个本科专业。机电系在“新能源汽车”、“整车及零部件设计与试验”、“数控机床”、“液压技术”、“绿色再制造”等领域具有学科优势，拥有“福建省汽车电子与电驱动技术重点实验室”、“福建省生产力促进中心先进制造技术分中心”、“福建省汽车关键零部件试验平台”、“福建省新能源汽车控制系统技术开发基地”