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莲花山断裂带是广东重要的北东向断裂之一，由韧性剪切带和脆性断裂组成，是侏罗纪以来的一个重要的构造系统，它控制了区内白垩纪-早第三纪的盆地形成和展布，对山脉的形成也有重要的作用。在区域上沿断裂带糜棱岩、碎裂岩、构造角砾岩、硅化岩特别发育。从区内断裂带的表现特征看，断裂带主要形成活动于侏罗纪以来的中新生代。受板块俯冲的影响，侏罗纪以来断裂带发生了多次的强烈活动。