原发免疫性血小板减少症关键基因与通路的筛选及中药测研究

来源 :中国免疫学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xuezhiyong2003
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目的:应用生物信息学方法初步筛选原发免疫性血小板减少症(primary immune thrombocytopenia, ITP)的关键基因并探索发病机制,进而预测治疗ITP的潜在中药。方法:基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)下的基因芯片原始数据集GSE80401,以调整P<0.05及|logFC|≥1为筛选差异miRNA的标准进行分析,得到ITP的差异miRNA。采用miRTarBase、miRDB和TargetScan进行miRNA靶基因预测,在Genecards数据库搜索ITP的靶点,将预测的上调靶基因和下调靶基因分别和疾病靶点取交集,在此基础上,将映射的靶基因分别通过String数据库和Cytoscape构建PPI网络,筛选核心的靶基因,对核心靶基因在DAVID和Omicsbean数据库上进行GO和KEGG 通路富集分析。将关键基因导入医学本体信息检索数据库(Coremine Medical)分析治疗关键基因的中药。结果:最终筛选出符合条件的差异基因422个,关键基因17个,包括BCL2L1、CCND1、CD44、CDKN1A、CREB1、GRB2、MAPK1、MAPK8、PIK3R1、CDK2、CAV1、FGF2、IGF1、SMAD2、SMAD4、TLR4和VEGFA,主要涉及蛋白聚糖、FoXO 信号通路、PI3K-Akt 信号通路、人T细胞白血病病毒1感染、内分泌抵抗、黏着班等信号通路。筛选得到包括人参、赤芍、当归、蜂毒、眼镜蛇、补骨脂、地黄、水牛角、火麻仁、菟丝子、五灵脂和金鸡纳皮等在内的具有防治ITP的中药共12味。TLR4映射的中药药味最多,其次是CCND1和VEGFA。在众多中药中,人参同时作用于17个靶点,赤芍、当归和蜂毒同时作用于11个靶点,眼镜蛇和补骨脂同时作用于9个和8个靶点,地黄和水牛角同时作用于7个靶点,火麻仁同时作用于4个靶点,菟丝子同时作用于3个靶点,五灵脂同时作用于2个靶点。提示上述药物具有多靶点防治或治疗ITP的潜能。结论:基于生信分析初步预测得到ITP的关键的致病基因及具有防治作用的中药,可为相关中药新药开发提供靶点及研究思路。
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