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采用RT-PCR方法对收集的2株猪流行性腹泻病毒（PEDV）临床毒株（D1、D3）的M基因进行克隆,并对其核苷酸和推导的氨基酸序列进行分析。结果表明：2株PEDV流行毒株M基因间核苷酸序列同源性为98.1%,氨基酸序列同源性为97.8%。流行毒株D1与参考株EAS1、SM98、CHM2013分离株亲缘性较近,流行毒株D3与参考株PEDV-LY、PEDV-WS、CH22分离株亲缘性较近。与参考株CV777相比,D1株M蛋白有4个抗原决定簇的位置和序列组成发生了变化。