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新教材打破了旧教材的知识编排模式，而以生命问题为核心来构建整个学科的知识体系。例如，细胞器方面的知识，旧教材先在必修第一册中介绍了细胞质的结构和功能，又在选修教材中安排了一节“细胞的生物膜系统”。这样就把本来是一个系统的知识而割裂开来，不利于学生理解掌握。而新教材通过分泌蛋白的形成过程很好地将各种细胞器结合起来，这正体现了机体论中的整体性概念，甚至由此我们可以延伸出一个问题：蛋白质的合成到底受什么控制？于是，就过渡到“细胞核——系统的控制中心”。这样就把生命活动的基本单位进行了整体性的阐释。