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我公司是一家交通运输企业,公司企业所得税实行核定征收.2009年以1300万元投资A公司.日前,我公司将拥有的股权转让给另一家公司,股权转让收入为1000万元.也就是说,公司转让股权损失了300万元,但税务机关仍然要核定征收企业所得税.请问:在股权转让发生损失的情况下是否应当核定征收企业所得税?