海洋功能区划最突出的贡献，主要表现在四个方面：第一是建立起海洋功能区划的理论体系；第二是确立了一种按海洋特定区域的本质属性，即具备的功能对其实施管理的机制，这可大大提高管理工作的科学性和深刻性；第三是将科技工作的科技行为同政府工作的行政行为密切结合起来，奠定了其成果作为管理依据的地位；第四是海洋功能区划的直接作用在于为海洋开发利用、保护管理，尤其是执法监察管理提供管理依据，并具有可实施性和可操作性。海洋功能区划最显著的特点是一主导功能一区，单独划定，而不同于传统的区划和规划工作。海洋功能区划的理论体系包括：概念；海洋功能区划的范围；海洋功能区划的目的、意义；海洋功能区的分类体系；海洋功能区划的方法；划定海洋功能区的指标体系，即标准体系；海洋功能区划的原则；相关关系处理准则；海洋功能区划的组织；海洋功能区划的编制、修订、审批程序；海洋功能区划的成果要求等。