工程竣工结算审计，是对前面几个阶段情况、监督项目建设，控制建设成本，防止施工方错乱结算的最后一道关卡，因此，竣工结算审计在全过程审计中具有举足轻重的作用。
　　一、施工方在送审资料方面存在的常见问题
　　（一）结算编制不完整，资料不齐全、不真实。工程承包方可能为了获取更大的利益空间，或者是由于自身能力不足，导致竣工结算书编制不完整，缺项少项，故意编制未发生项目的资料，还有的资料保存不当，缺失丢失，诸如此等原因，致使审计过程中，竣工结算编制内容无法完全核实，无法找到相应的真实的原始资料，也造成了工程造价结果的不准确。在实际工作中，审计发现竣工结算书存在问题的现象非常普遍。
　　（二）项目管理环节薄弱，项目超预算严重。在实际的项目开展中，不同建设方及承包方管理水平是参差不齐的。还存在建设单位招标文件不严密、合同签订不规范的现象，施工单位利用其中漏洞，将自身管理不当所造成的成本增加转嫁到建设单位，造成建设单位严重超预算等问题。
　　（三）工程变更、签证不规范。当建设项目预算准确，材料供应控制严格，且项目结构规整，隐蔽设备较少时，项目的成本非常透明，施工单位的利润是可预见的。工程变更、签证就可能成为边缘手段，施工单位虚开工程变更，蒙蔽建设单位签证同意，又或者直接伪造工程变更、签证等；或出现有的工程变更未经多方确认，弄虚作假等情况。
　　（四）定额、取费就高不就低。工程建设项目体量大，工作量大，周期长，涉及分部分项繁多，定额套取过程中模棱两可或者界定模糊的情况时有发生，以建设单位的角度来说，希望定额套用尽量走低，控制成本；施工单位则希望应用取费更高的定额，获取更高的利润，因此，有的施工单位往往釆取定额套用错误、定额取费就高不就低的做法来达到获取更高利润的目的。
　　（五）工程量、金额计算故意放大“错算”。在竣工结算时，建设单位与施工单位博弈，建设单位潜意识里就认为施工单位会存在多报工程量的可能，而施工单位也心知肚明，更多的时候就将计就计，反正最终的结算金额会在上报金额的基础上有所折扣，便索性在工程量、金额计算故意放大“错算”，希望最终的结算金额在有所消减后依然能有可观的利润。
　　（六）材料价差调整有误。一个工程项目从动工到竣工，少则几个月时间，多则工期达到几年之久，市场经济大环境下，材料、人工和机械等各方面费用都可能会发生较大波动，此时就涉及到材料价差调整，价差调整的时间比较容易被忽略，也是错误率发生较高的领域。
　　二、竣工结算审计机构及人员自身存在的常见问题
　　（一）不同审计机构的互动性、协同性有待加强，作用有待发挥。国家审计、社会审计和内部审计之间应该是相辅相成，应资源共享，积极互动和协同共助的。在此方面，近年来有了许多积极的探索和实践，但各自相对独立、各自为营的情况仍然非常明显，不同机构之间往来有限，或只顾自己份内之事，其他一概不管，或合作意识淡薄，很少出现相互支持、配合、借鉴的情况。这些问题，对于工程项目结算审计的进一步开展是非常不利的。
　　在作用发挥方面，近年来，不同审计机构在工程项目结算审计的成效是有目共睹的，但作用发挥很不平衡。以内部审计为例，虽然现在很多单位都设立了内审部门，也在积极工作，但还需更加完善相关方面的协调工作。
　　（二）审计人员在专业知识的层次性和复合性方面有待完
　　善。工程审计行业不同于一般审计行业，除了对审计相关专业知识有较高要求外，对工程与工程造价相关知识的要求也非常高。我国在此方面有所欠缺，目前工程竣工审计的从业人员多为造价专业人员，结构较单一。
　　（三）加强对工程审计工作延展作用的认识。从更高的角度看审计工作，很多人都忽略审计工作在提升建设单位与施工单位的工程管理水平，健全完善规章制度，保障工程项目的质量，社会效益、效能等方面的作用。
　　（四）在对存在问题的掲示广度和深度上有待深化。目前，更多的时候工程项目竣工结算审计只在指出竣工结算存在的定额错误、计算错误、工程量错误以及最后的造价错误，帮助或督促修改之后就作为审计工作的终止，很少能够关注并指出错误出現背后的原因，没有揭示出现问题所代表的实际原因，对存在问题的揭示广度和深度上都非常有限。
　　（五）审计评价和建议等方面的作用有待提高。与对存在问题的揭示广度和深度相关联，有的工程项目竣工结算审计往往在进行审计评价和建议时，只能就工程量问题、工程造价等问题提出具体建议， 不能就存在的管理缺陷、廉政风险等提出相应的建议，不利于建设单位和施工单位进一步正视存在问题，在今后的工作中防范同类问题的产生，反映了结算审计在审计评价和建议等方面在为提升管理水平、促进党风廉政建设等方面的作用有待总结和提高。
　　综上所述，针对工程项目竣工结算审计中出现的常见问题及对工程项目竣工结算审计机构及人员自身存在的常见问题的分析，可以采取不同的措施，积极加以解决。