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采用真菌核糖体基因转录间隔区域（ＩＴＳ）通用引物，ＰＣＲ扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ＩＴＳ１和ＩＴＳ２，并对ＰＣＲ产物进行了克隆和序列比较。结果表明：棉花疫病菌的ＩＴＳ１和ＩＴＳ２分别由２０６和４５３个碱基组成，而辣椒疫病菌则分别由１７４和４３２个碱基组成。棉花疫病菌两个菌株之间ＩＴＳ１和ＩＴＳ２的同源性均高达１００％，而棉花疫病菌和辣椒疫病菌ＩＴＳ１同源性为７０．９％，其中中间区域５２