DNA序列中基于后继数组索引的LPR查找算法

来源 :计算机研究与发展 | 被引量 : 0次 | 上传用户：ghw0531

【摘要】

：

DNA序列中的重复片段在人类基因研究中有着非常重要的生物意义,因此,查找给定DNA序列中的重复片段是生物序列分析领域中的一个重要课题.基于重复片段的模式提出了新的重复片

【作者】

：

王镝王国仁吴青泉陈白尘赵毅毛克明

【机构】

：

东北大学信息科学与工程学院,上海宝信软件股份有限公司

【出处】

：

计算机研究与发展

【发表日期】

：

2006年z3期

【关键词】

：

DNA序列重复片段 LPR 模式单元后继数组

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目(60273079,60573089)

下载到本地 , 更方便阅读

下载此文赞助VIP

声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架

论文部分内容阅读

DNA序列中的重复片段在人类基因研究中有着非常重要的生物意义,因此,查找给定DNA序列中的重复片段是生物序列分析领域中的一个重要课题.基于重复片段的模式提出了新的重复片段定义LPR(largest pattern repetition)和模式单元的概念.对于长度为n的DNA序列,其中的LPR的数量是O(n)数量级的,但提供了与个数可多达n2/4的tandem repeat相同的重复片段信息.基于模式单元设计了可用于重复片段查找的全新索引--后继数组.后继数组有效地降低了索引空间,很好地突破了重复片段查找中

其他文献

警惕“假满意件”

曾问某局长:"你局负责办理的代表建议落实不多,为啥代表还纷纷在办理意见征询表上填上‘满意’二字?"他神秘一笑:"我有终南捷径:对提建议的代表,一是送礼上门,‘买’个满意;

期刊

终南捷径建议代表人民意见征询表人大代表乡镇领导施加压力工作队神秘动员

协作共享网络安全新常态

网络安全不能独善其身,所有相关利益者都应承担起各自的责任。网络安全和信息化历来是一体两翼,网络安全也是伴随信息化发展的永恒话题。经过十几年的快速发展,高校网络安全

期刊

网络安全协作安全工作高校网络应急响应治理体系信息化网站

IPv6部署时不待我

IPv6发展迎来重要契机距1998年IPv6首次引入中国,已经过去了整20年。IPv6在2018年迎来了新的重要发展契机。2017年底,中办、国办正式印发《推进互联网协议(IPv6)规模部署行动

期刊

IPV6部署互联网协议

扎实开展统战工作推进和谐校园建设

【正】当前,我国正在建设和谐社会,而建设和谐校园是建设和谐社会的重要组成部分。建设和谐校园需要全校师生共同参与。我校现有民主党派人士五人,他们在基层组织中发挥着重

期刊

思想状态基层组织政党关系和谐发展支部委员党的基本路线统战工作自身建设政治素质精神面貌

老兵跨上新战马——记新当选的省人大代表、全国劳模黄银莲

腾飞的礼花,为庆贺伟大祖国诞生40周年,增添了节日的光彩。欢庆的盛典,给一位来自全国著名侨乡石码镇的归侨女清洁工,带来了崇高的奖赏。在天安门城楼上,江泽民总书记同她亲

期刊

人大代表清洁工环境卫生江泽民清洁队党支部当选归侨劳动模范福建省

“我们明白了”——武夷镇人大加大对农民合理负担的宣传

"好雨知时节,当春乃发生"。春雨绵绵。在武夷山市武夷镇柘洋、樟树、角亭等村的会议室里也是春意浓浓,气氛热烈,原来,这里就农民关心的"负担"问题正在探讨、座谈……春节前,

期刊

武夷山市人民代表大会减轻农民负担统筹人大代表预算报告投反对票宣传村民会议室

“亮证挂牌”让来访者明白

据福州日报3月15日报道,位于福州市五一广场北侧的市人大常委会机关大门口竖立了一面醒目的大牌子,上面公布了人大常委会受理人民群众来信来访(包括8个方面)的范围,旨在"群众

期刊

人大常委会国家机关福州市政治工作五一广场群众工作人民群众依法治国上访者信访

粉体技术与开发大型工具书——中国粉体工业通鉴（2006版）

期刊

互联网的“硬核”常识

二十世纪,人类公认的两大发明,一个是载人航天,另一个是互联网。被忽悠的互联网今天,互联网确实已经像电和水一样,与我们的生活息息相关。互联网泛滥到无处不在,但是那些每天

期刊

互联网硬核IPHONEWI-FI载人航天智慧城市云计算交换机

最佳匹配问题的DNA表面计算模型

基于最佳匹配问题的问题解空间,采用荧光标记的策略,给出了一种新的最佳匹配问题的DNA表面计算模型,该模型首先将问题解空间的DNA分子固定在固体载体上,然后通过进行相应的生

期刊

DNA计算解空间最大匹配最佳匹配问题DNA computing solution space maximum matching perfect m

DNA序列中基于后继数组索引的LPR查找算法

与本文相关的学术论文