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将采自广东省的牛源环孢子虫样品经套式PCR扩增，获得了18SrDNA基因中大小为296bp的目的片段，对该序列进行了克隆和测序，比较了该虫株与其他原虫的亲缘关系。结果显示，该虫序列与已报道的广州牛源环孢子虫虫株完全一致，与其他艾美耳球虫的亲缘关系较近，在广东首次发现的牛源环孢子虫属于艾美耳科环孢子虫属的一新种。表明18SrDNA基因在环孢子虫进化和分类鉴定研究上是一种有效的分子标记。