现在使用的杂交水稻种子与过去使用的常舰永稻种子有差异。过去使用的常规水稻种子颖壳厚、籽粒重、吸水慢，因此，在浸种催芽中采取高温破胸、中温催芽、低温炼芽的浸种催芽技术，而现在使用的杂交水稻的种子具有颖壳薄、籽粒轻、易吸水、喜中温的发芽特点，在浸种催芽中，应实行“三浸三滤”催芽技术，可催齐壮芽。杂交稻催芽前应采取将种子淘洗干净、少浸多滤、日浸夜滤的原则。在浸种催芽时常出现的问题有：
　　1，种子表面发霉、黑色、籽粒边缘白色。这是在浸种催芽时遇到高温、缺少水分造成的。因此，在浸种催芽时，要随时跟踪检查，发现种子温度烫手，就应及时补充水分。
　　2，种子在催芽时，有的种子已露白，有的种子没有露白，后来种子整体不动了，保持原状。这是在浸种催芽时水分使用过多，种子被水养到了，达不到种子萌发生长的条件，还容易造成烂种。遇到这种情况，应及时减少水分供给，使其脱水，这样稻种才能正常出芽生长。
　　3，杂交稻种子在制种过程中，常碰到阴雨连绵的天气，特别是在种子收获前，碰到长期阴雨天气，种子会出现穗萌现象(种子在穗上已萌发)。对出现这种现象的种子，在浸种催芽时应采取浸前抢晴天晒1～2天太阳。浸种时应淘洗干净、少浸多滤、日浸夜滤，如发现种子变黑及有乙醇酒味，则应多清洗多沥滤。
　　4，种子播种后，发现厢面种子有霉烂，这是绵腐病危害造成的。可用灭菌威喷洒防治。