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蚯蚓对土壤中的重金属和有机物等多种化学污染物具有较好的耐受性，可以在组织内进行生物蓄积。蚯蚓可以移除土壤中的重金属、杀虫剂和亲脂性有机微量污染物——多环芳烃（PAH）等。蚯蚓既可通过湿润的体壁吸收可溶性化学物质，也可通过吞食泥土来完成吸收。在体内，或对化学物质进行生物转化，或进行生物降解将其变为无害物质。蚓粪富含营养物质（N、P、K和微量元素）和包括固氮菌在内的数百万土壤益生菌，蚓粪可改变土壤物理、化学、生物学方面的性能，明显提高土壤质量。