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原发性肝癌发生和转移是一个多环节、多因素的复杂过程。在肿瘤发生、启动、增生、癌变到转移的过程中，除基因水平的变化外，在分子水平还有不同的功能性蛋白的参与。蛋白质组学研究直接定位于蛋白质水平，从整体、动态、定量的角度去研究基因的功能。它不仅有助于进一步揭示肝癌发病及其转移的机制，亦可应用于发现能进行早期临床诊断的肿瘤标记和寻找新的治疗靶点。本文就蛋白质组学在原发性肝癌发生及其转移研究中的应用作一综述。