茅苍术的全长转录组分析

来源 :中南民族大学学报(自然科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户:jocelynsusan
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
为探究茅苍术Atractylodes lancea (Thunb.) DC.中药用活性成分生物合成的遗传基础,对茅苍术进行三代全长转录组测序,通过生物学信息学分析,构建了茅苍术全长转录本数据库.共获得26238条平均长度为1360 bp的全长转录本,其中25413条(96.86%)在NR、KEGG、GO、KOG和Swiss-Prot 5个数据库中得到注释.根据NR比对结果,茅苍术与菊科菜蓟属刺苞菜蓟(Cynara cardunculus)最为相似;根据GO注释分析,8371条转录本注释到生物学过程、分子功能和细胞组成的三大类共48条GO条目;有15848条转录本注释到KOG数据库,参与基本功能预测序列数目最多,为2598条;在KEGG注释分析中,共有12137条转录本被注释到130条代谢通路;基因结构分析中,得到325条LncRNA、24723条CDS序列,检测到SSR位点8027个;根据转录因子分析,共预测到81个TF家族,包括1830个转录因子.该研究获得了茅苍术的全长转录组数据库,并为后续开展苍术的育种、活性成分的生物合成机制以及遗传多样性等分子研究提供宝贵的遗传资源.
其他文献
学位
<正>2021年4月26日,苹果实施了“应用追踪透明”(app tracking transparency)功能,该功能可以防止Meta等公司监控iPhone用户的活动,或跟踪他们在应用间的行为。Meta的营收受到了巨大的冲击:Meta的首席财务官魏纳估计,苹果的隐私功能变更将使Meta在2022年损失约100亿美元的收入。这一消息的披露,导致Meta股价在第二天就下跌了20%。
期刊
报纸
期刊
期刊
目的 应用不同配方的高脂饲料,诱导建立Sprague-Dawley(SD)大鼠高脂血症模型。方法 雄性SD大鼠随机分成6组:正常对照组和5个高脂模型组,连续分别饲喂普通饲料和不同配方高脂饲料6周,于诱导1、2、4和6周检测大鼠血脂含量,诱导6周后进行肝脂质含量的检测。结果 与正常对照组大鼠相比,造模6周后,模型2和模型3组大鼠血清中总胆固醇(TC)含量显著升高,各模型组大鼠血清中的低密度脂蛋白-胆
期刊
为揭示红小豆苗期不同叶龄基因表达量的变化,以晚熟品种‘唐山红小豆’为材料,通过RNA-Seq技术对3叶龄和6叶龄红小豆叶片进行转录组比较分析.结果表明:两个样本的转录组测序共得到94.1×10~6个原始reads,过滤后得到92.31×10~6个clean reads, Q30比例为94.17%,GC含量为43.68%,能定位到基因组序列上的碱基数占97.77%,在参考序列上有唯一比对序列数占93
期刊
饲料添加剂是生产饲料时为了平衡饲料营养、预防疾病而必须使用的一类商品。中药渣经益生菌发酵降解毒素后可作为安全的有机质饲料添加剂加入到饲料当中,作为抗生素替代物和营养补充剂。为了将发酵中药渣合理添加到饲料中,文章模拟实际饲料生产环境,建立饲料营养配方优化的多目标规划模型,通过遗传算法求解模型设计,希望获取保证精准营养、绿色安全的饲料配方。结果表明:这项技术能够实现饲料配方优化在2 s内实现;同时能够
期刊
【目的】对油茶不同光照强度条件下的转录组进行测序分析,以期解析油茶响应光照环境变化的分子调控网络,为油茶高光效代谢网络构建及其关键基因挖掘提供依据。【方法】在不同光照强度处理下测定油茶叶片光合生理指标,利用高通量测序技术进行转录组测序分析,挖掘光合作用、初级代谢、次级代谢、激素合成相关通路上的差异表达基因(DEGs),并分析其表达特征。【结果】随光照强度减弱,油茶叶片净光合速率、气孔导度和碳含量降
期刊
海滨木槿(Hibiscus hamabo Sieb.et Zucc.)是一种典型的耐盐植物,甚至能够在海水中生长,是沿海滩涂绿化的绝佳绿化树种,但在栽培试验中发现海滨木槿不耐寒,很难在北方地区越冬。为探究海滨木槿在低温胁迫下的分子应答机制,挖掘海滨木槿的抗寒基因,培育耐寒海滨木槿,通过转录组测序(RNA-seq)的试验方法分析海滨木槿在低温胁迫下的差异基因表达情况。试验结果表明,低温胁迫下的处理组
期刊