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古翅类的系统发育问题是六足总纲中有争议的热点问题之一.对现存古翅类(蜉蝣目+蜻蜓目)与新翅类之间的系统发育关系有3种主要观点:古翅类(=蜉蝣目+蜻蜓目)+新翅类,蜉蝣目+(蜻蜓目+新翅类),蜻蜓目+(蜉蝣目+新翅类).第1种观点得到化石、形态和部分基因证据支持,第2种观点得到较多形态特征支持,支持第3种观点的证据较少.这一问题的解决有赖于更多昆虫种类、化石以及分子证据的发现和研究.