1.沤根。主要在苗期发生，成株也有发生。发病时不长新根，根皮发锈腐烂，地上部萎蔫，苗易拔起，叶缘枯焦。主要原因是室温低、湿度大、光照不足、浇水过最、连续阴雨、通风不良，造成根压小，吸水力差。防治方法：①苗期和室温低时不要浇水，最好采用地膜下浇小水。选择晴天上午浇水。②加强炼苗，注意通风，培育壮苗。③按时揭盖草苫，阴天也应及时揭盖。④注意及时清扫积雪和灰尘，并适时揭盖草苫。
　　2.畸形果。主要原因是开花前后遇低温、高温和阴雪雨天，光照不足，往往产生多心皮的子房，由此形成畸形果。防治方法：①加强温度调控，在花芽分化期和花期保持25～28C。②加强肥水管理，及时适量浇水施肥。
　　3.空洞果。番茄空洞果表现为果实的胎座组织生长不充实，果肉不饱满，表面有棱沟。主要原因是受精不良，种子退化，胎座组织发育不充实。氮肥施用过量，生长调节剂的使用浓度过大，果实迅速膨大期温度过高或过低，光照不足。防治方法：①加强肥水管理，尤其注意采收后期的肥水供应。②应随温度的变化合理使用生长调节剂，并正确掌握使用浓度和时期。
　　4.落花落果。主要原因：一是花芽分化期肥料不足，夜温高且昼夜温差小，干旱或水分过大，日照不足造成花的质量差，花柱扭曲、短小或无柱头还有子房畸形等生理缺陷造成落花落果；二是在开花期光照不足、夜温高、温湿调控大起大落、肥水不足或大肥大水。防治方法：①培育壮苗，加强温湿度调控，及时适量给肥水，合理控制夜温。②用15～20毫克/千克的2.4-D或30～40毫克/千克番茄灵蘸花。
　　5.番茄脐腐病。又称蒂腐病，初在幼果脐部出现水浸状斑，后逐渐扩大，至果实顶部凹陷，变褐，发病部位的果肉组织崩溃收缩呈显著扁平状。受害果实的健部提前变红。病部在潮湿条件下，往往被腐生菌侵染，在病斑上产生黑色霉状物。防治方法：①覆盖地膜，保持土壤水分的相对稳定，减少土壤中钙质养分的淋失。②适量及时浇水，尤其结果期更应注意水分均衡供应。③避免使用未腐熟的有机肥料，注意氮、磷、钾肥的合理配施，勿过多偏施氮肥。④番茄坐果后1个月适当增施钙素肥料，可用1%的过磷酸钙，0.1%氯化钙或0.1%硝酸钙进行根外追肥，从初花期开始隔15天喷1次。
　　6.肥害。一是氨害。由于施用过量未腐熟的农家肥或施入过多的尿素、碳铵等易挥发氮肥，造成氨气聚集，或施氮肥时离根系较近，根系周围土壤浓度大，番茄无法吸水而中毒。幼苗受害时叶片四周由水浸状变黑褐色而枯死，成株受害时，叶边缘褪绿变白干枯，严重时叶片全部枯死。二是二氧化氮气害。在施肥量过大，土壤由碱性变酸性情况下，硝酸化细菌活动受抑制，二氧化氮不能及时转换成硝酸态氮而产生危害。症状是植株中上叶片上形成不规则水浸状淡色斑点或叶片上产生褐色小斑点，严重的斑点连片或枯焦，后向中间扩展，病部发白后干枯，严重时植株枯死。防止肥害主要措施：①施用充分腐熟的农家肥。②施化肥特别是尿素、碳铵时要少施勤施，并及时浇水，加强通风。③当发生氨害时可用1%的食醋进行叶面喷洒。