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棉花苗期发生的病害约有十余种，大致可分为两类。其中重要的一类是引起烂种、烂芽、茎基腐和根腐。常见的有立枯病、炭疽病、红腐病，其次为猝倒病、枯腐病等。主要发生在子叶期至二叶真叶期。由于根茎过于幼嫩，抗病能力弱，易遭受病菌侵染而腐烂；另一类以为害子叶、真叶及茎部为主的茎枯病、疫病、黑斑病、轮纹病及苗期枯萎病等。对生产上影响较大的主要是前一类。