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针对传统抗干扰算法难以有效抑制雷达主瓣干扰的问题,提出一种基于主辅通道的盲源分离抗主瓣干扰算法。构建雷达抗主瓣干扰的信号模型,并对信源数目进行估计。利用基于矩阵联合对角化特征矢量的盲分离算法分离主瓣目标和干扰混合信号。基于时域峰均值功率比评估指标实现目标和干扰通道分类。仿真实验表明,提出的信源估计和通道分类算法准确有效,同时盲源分离在复杂电磁环境中具有良好的抗干扰性能。