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我国现代大学制度建设的理性设计趋于成熟，如何保障现代大学制度的执行力显得尤为重要，而执行的关键又在于科学地建构运行机制。据此，本研究运用系统论思想，从制度的运行主体、结构和程序及其各要素立体互动关系的角度，探讨在运行主体方面学校、政府、社会之间的联动机制，在运行结构方面内部治理结构与外部治理结构的耦合机制，在运行程序方面大学章程与高校董事会制度的规约机制，以期形成具有中国特色的现代大学制度运行机制。