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目前，巢湖流域非点源污染问题突出。着眼于畜牧业和环境的协调发展，通过对研究区畜牧业生产的实地考查、分析和计算得出结论：畜牧业生产的快速发展、不合理和未加利用的畜牧粪便及畜牧业产品生产加工过程中产生的有机污物是巢湖流域非点源污染的重要原因，来源于畜牧业生产的非点源污染的氮就足以使巢湖水质劣于Ⅲ类标准。最后探讨了解决巢湖富营养化的控制措施。