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晚疫病是台湾马铃薯主要病害，给农民造成巨大损失，此前，因为受不了晚疫病侵袭，台湾农民已基本停止种植马铃薯。“台农3号”是针对晚疫病研发的新品种，具有耐病毒、丰产等特性。相较于台湾目前最普遍栽培的大叶种马铃薯，“台农3号”发生晚疫病的时间比较晚，因此病害造成的损失不大，能够获得比较高的收成，使得单位面积产值提升。除了晚疫病，“台农三号”对软腐病，病毒病的耐受力也比较高。