乌头(Aconitum carmichaeli)为毛茛科(Ranunculace)乌头属(Aconitum)的多年生草本植物,是我国一种传统常用中药材。为了开发乌头微卫星引物,分析乌头的遗传多样性与遗传分化。本研究利用Illumina高通量测序技术建立乌头基因文库,筛选微卫星片段,建立微卫星文库。设计微卫星片段的引物,应用开发的微卫星引物对4个野生乌头种群80个个体进行扩增和聚丙烯凝胶电泳,以检测微卫星引物的多态性和居群的遗传多样性,应用乌头的4个近缘种进行微卫星引物通用性检测。研究结果显示,得到12 095条片段的微卫星文库,55条微卫星片段被设计成引物,经检测筛选得到14对条带清晰、多态性丰富的引物(等位基因数目(number of alleles,A)=4.85,期望杂合度(expected heterozygosity,He)=0.583,观测杂合度(observed heterozygosity,HO)=0.613,PIC=0.528)。乌头引物的通用性检测结果表明,大部分引物能在乌头近缘种中成功扩增。乌头在物种水平上具有较高的遗传多样性(A=3.25,He=0.493,Nei’s遗传多样性指数(Nei’s gene diversity,h)=0.505,Shannon’s信息指数(Shannon’s information index,I)=0.851);居群间具有一定的遗传分化杂合性基因多样性(heterozygosity gene diversity,FST)=0.149,居群间基因流(gene flow between populations,NM)=1.432有限。研究结果表明,本研究所开发的乌头微卫星引物具有较高的多态性和很好的通用性,乌头在物种水平上有较高的遗传多样性。本研究为乌头种质资源和混伪品的鉴定,乌头优质种质资源的保护、开发及后续研究提供了理论依据。