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采用COI基因片段研究了东海区象山（xs）、乐清（YQ）和宁德（ND）三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中，共检出单倍型13个，包括变异位点23个，其中简约信息位点14个。在三个种群中，YQ群体具有最高的单倍型多样性和核苷酸多样性水平，但整体上，三个群体的遗传变异水平均比较低。中性检验结果表明，三个群体内部在分子水平可能存在自然选择作用。NJ系统发生分析发现，YQ部分单倍型与XS和ND群体聚在一起，而与另一部分YQ群体遗传分化较大。AMOVA分析显示，遗传差异主要来自于群体内