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搅拌对污泥厌氧消化过程中的物料传质具有非常重要的作用，为进一步了解搅拌对厌氧消化微观环境的影响，考察了污泥厌氧消化过程中搅拌和无搅拌条件下污泥形态、微生物活性及分布的变化。采用吖啶橙染色法对微生物中的RNA、DNA染色，通过染色情况分析微生物活性的空间分布。结果表明，搅拌系统中污泥絮体结构松散，粒径细小，但具有良好的沉降性能；搅拌系统中RNA／DNA（以荧光的相对面积表征）和脱氢酶活性均高于无搅拌系统，说明适度搅拌可以提高污泥厌氧消化系统中微生物活性。RNA／DNA与传统脱氢酶的测试结果基本一致，但前者测