我国商业模式专利制度不健全,相关者权益无法得到有效的保护,在国际竞争中处于弱势地位,商业模式低端复制严重,造成了资源的浪费,不利于经济和社会发展。手机APP商业模式以其独特优势成为商业模式的主要形式,以手机APP商业模式为例,分析我国现有商业模式专利保护制度,发现我国现有专利制度无法对手机APP商业模式给予保护,在审查实际操作中存在商业模式专利审查方法不科学、商业模式专利实质性审查标准泛化等问题。对商业模式进行专利法保护符合社会发展趋势,有利于保护商业模式发明人合法权益,促进创新,打破垄断,遏制商业模式相同、门槛不高的跟风创业行为。可以从建立商业模式检索数据库、专门规定商业模式专利、建立商业模式短期专利制度、完善商业模式专利审查相关规定入手,加强我国商业模式专利保护。